A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones. Junto a él, muchos de los jugadores del equipo se unieron y Marcelino continuó en el cargo de entrenador a pesar de ser profundamente cuestionado.